Ngày 29.3, Iran International dẫn các nguồn thân cận với chính phủ Iran tiết lộ rằng Tổng thống Masoud Pezeshkian đã chỉ trích gay gắt chiến lược leo thang của Vệ binh Cách mạng Hồi giáo (IRGC), cảnh báo nếu chiến tranh tiếp diễn, nền kinh tế Iran có thể sụp đổ hoàn toàn trong vòng ba đến bốn tuần. Ông yêu cầu quyền điều hành các quyết định liên quan đến xung đột phải được trả lại cho chính phủ dân sự. Tư lệnh IRGC Ahmad Vahidi thẳng thừng bác bỏ đề nghị này, đồng thời đổ lỗi cho chính phủ vì đã thất bại trong việc thực hiện các cải cách cơ cấu trước khi chiến tranh nổ ra.

Theo kênh Channel 14 của Israel, trong một cuộc trao đổi căng thẳng, Pezeshkian nói thẳng: “Tôi muốn tham gia đàm phán với Mỹ. Nếu không có thỏa thuận nhanh, toàn bộ nền kinh tế của chúng ta sẽ sụp đổ trong ba tuần.” Vahidi đáp lại: “Đó chính xác là lý do tại sao ông không thể tham gia.” Sau đó, Pezeshkian được cho là đã nói với các cộng sự rằng ông cảm thấy như một con tin, bất lực trước sự kiểm soát của phe cứng rắn.

Sự rạn nứt giữa chính quyền dân sự và IRGC vốn âm ỉ từ trước, song việc nó bị tiết lộ ra bên ngoài trong bối cảnh chiến tranh mới là điều đáng chú ý. Giới phân tích nhận định đây có thể là động thái “bắn tín hiệu” có chủ đích, nhằm khẳng định vị thế của chính phủ dân sự trong bất kỳ thỏa thuận nào được ký kết sau xung đột. Nguồn tin từ IranWire cho biết Pezeshkian đã nhiều lần bày tỏ lo ngại trong các cuộc họp nội bộ rằng IRGC hoàn toàn không có kế hoạch hậu chiến, và đặt câu hỏi thẳng thắn với đại diện IRGC: “Có nghĩa là khi chiến tranh kết thúc, chúng ta lại phải giết thêm một đợt người biểu tình nữa?”

Trong khi đó, nhân vật nổi lên như một trục chính trong các kênh đàm phán bí mật là Chủ tịch Quốc hội Mohammad Bagher Ghalibaf. Axios và Politico dẫn các quan chức Mỹ và Israel tiết lộ rằng đặc phái viên Steve Witkoff cùng cố vấn Jared Kushner đã liên lạc với Ghalibaf. Ngày 30.3, Tổng thống Trump xác nhận trực tiếp khi trả lời tờ New York Post: “Chúng tôi đang làm việc với một người mà tôi tin là được tôn trọng nhất, không phải lãnh tụ tối cao.” Pakistan, Ai Cập và Thổ Nhĩ Kỳ đóng vai trò trung gian chuyển thông điệp giữa hai bên, với Islamabad được xem là địa điểm có thể diễn ra cuộc gặp trực tiếp.

Ghalibaf, 64 tuổi, là cựu Tư lệnh Không quân IRGC, cựu Giám đốc Cảnh sát và từng là Thị trưởng Tehran trong 12 năm. Ông thất bại trong bốn lần tranh cử tổng thống. Tuy nhiên chiến tranh, cùng với sự tiêu diệt hàng loạt lãnh đạo cấp cao Iran, đã đưa ông vào vị trí trung tâm một cách bất ngờ. Israel tạm thời đưa Ghalibaf ra khỏi danh sách ám sát theo yêu cầu của Pakistan gửi tới Washington. Một quan chức an ninh cấp cao Israel mô tả ông là “kẻ cực đoan” và “không phải Mẹ Teresa”, đồng thời nói thẳng: “Ông ta được bảo vệ chừng nào còn đàm phán.”

Sự vắng mặt kéo dài của Lãnh tụ tối cao mới Mojtaba Khamenei càng làm trầm trọng thêm khoảng trống quyền lực tại Tehran. Kể từ khi được bổ nhiệm ngày 9.3, sau cái chết của cha là Giáo chủ Ali Khamenei bị ám sát trong cuộc tấn công ngày 28.2, ông Mojtaba chưa một lần xuất hiện trước công chúng, chưa phát biểu trực tiếp và chưa phát hành bất kỳ video hay âm thanh nào. Các tuyên bố được đọc bởi phát thanh viên truyền hình nhà nước thay cho ông. Đại sứ Nga tại Tehran xác nhận ông vẫn đang ở Iran, song “vì những lý do hiển nhiên, tránh xuất hiện trước công chúng.” Một số nguồn cho biết ông bị thương nhẹ ở chân trong cuộc không kích ngày 28.2. Khoảng trống lãnh đạo này khiến các tư lệnh IRGC thực chất đang nắm quyền điều hành đất nước trong giai đoạn xung đột.

Chiến dịch truy tìm và ám sát của Israel đã loại bỏ hơn 250 quan chức cấp cao Iran kể từ đầu chiến tranh, khiến hệ thống chỉ huy của IRGC bị tổn hại nghiêm trọng. Các tư lệnh còn lại gần như tê liệt về mặt công khai, buộc phải hoạt động trong bí mật hoàn toàn.

Tính đến ngày 1.4, Trump đã gia hạn thời hạn tấn công cơ sở năng lượng Iran đến ngày 6.4, viện dẫn các cuộc đàm phán đang tiến triển. Phía Iran liên tục phủ nhận có đàm phán, song các nhà phân tích nhận định xác suất đàm phán thực sự diễn ra ở mức 60%, bởi chi phí chiến tranh ngày càng cao cho tất cả các bên.
Dù vậy, Israel bày tỏ lo ngại rằng Washington có thể đạt thỏa thuận trước khi Tel Aviv hoàn thành các mục tiêu quân sự, tạo nên sự bất đồng ngầm trong nội bộ liên minh Mỹ và Israel.​​​​​​​​​​​​​​​​